研究方向
生命的分子机器 如果我们把复杂的生命活动过程分解为一个个单独的物理、化学过程，这些物理、化学过程依赖于细胞内各式各样结构复杂而有序的分子机器来进行，这些分子机器由蛋白质、核酸、糖类、脂类等生物大分子或这些大分子的复合物构成的。正是依靠了生命体内微观世界中众多的分子机器的有序运转、协同配合，生命体才有了活力。 构成生物大分子的原子主要是氢、碳、氮、氧、磷、硫以及少量的金属原子，这些普通的原子一旦在三维空间中特定地排列，就使得这个生物大分子成为一个分子机器，能执行特定的生命功能。形象地说，本课题组的研究方向就是要把细胞中重要的分子机器打开来看一看，了解什么样的结构导致这些分子机器具有特定的功能，这些功能又是如何精确地被其它外界因素调控的。通过研究结构与功能的关系来回答一些重要的生物学问题。这些重要生物学问题的回答一方面是充分认识生命现象本质，掌握生命活动规律所必须的，具有重大的科学和认识价值。另一方面，这些研究成果可以应用于社会生产，对人类的经济生活产生重大影响。
新药申请
在Syrrx公司（Syrrx公司于2005年2月7日为日本武田制药公司收购成为武田-圣地亚哥分部）担任科学家期间，作为基于结构的糖尿病药物设计主要参与人之一，所设计的高选择性双肽蛋白酶?4抑制剂已通过临床试验。武田制药于2008年1月7日向美国食品与药物管理局（FDA）递交2型糖尿病新药申请(药名alogliptin)，2010年6月27日美国食品与药物管理局（FDA）以所提供数据不足为理由拒绝批准此新药申请，武田制药决定增补数据预期在两年之内再次递交此新药申请；此外，武田制药与2008年9月23日向美国食品与药物管理局（FDA）递交2型糖尿病复方药新药申请(药名alogliptin/Actos)。 代表性论文 1. Kong C, Zeng W,Ye S, Chen L, Sauer D, Lam Y, Derebe M, Jiang Y (2012) Distinct Gating Mechanisms revealed by the structures of a multi-ligand gated Kchannel.eLIFE, doi: 10.7554/eLife.00184. Epub 2012 Dec 13 2. Dong W, Lu W,McKeehan WL, Luo Y,Ye S*,(2012).Structural Basis of Heparan Sulfate-Specific Degradation by Heparinase III.Protein Cell,3:950-61 3.Ye S*, Li Y, Jiang Y.(2010).Novel insights into ion selectivity from high resolution structures of an open Kchannel pore.Nat Struct Mol Biol,17:1019-23. 4. Wu Y, Yang, Y,Ye S, Jiang Y. (2010).Structure of the Gating Ring from the Human High-conductance Ca2+-gated K+ Channel.Nature,466:393-7. 5.Ye S, Li Y, Chen L, Jiang Y.(2006).Crystal structures of a Ligand-free MthK gating ring: Insights into the ligand gating mechanism of Kchannel.Cell,126:1161-73. 6. Shi N,Ye S, Alam A, Chen L, Jiang Y.(2006).Atomic Structure of a Naand KConducting Channel.Nature440:570-574. 7.Ye S, Cech AL, Belmares R, Bergstrom RC, Tong Y, Corey DR, Kanost MR, and Goldsmith EJ.(2001).The structure of a Michaelis Serpin-Protease Complex.Nat Struct Biol,8:979-983 8.Ying Li, Jen Hsin, Lingyun Zhao, Yiwen Cheng, Weina Shang, Kerwyn Casey Huang, Hong-Wei Wang, Sheng Ye.(2013).FtsZ Protofilaments Use a Hinge-Opening Mechanism for Constrictive Force Generation.Science,341:392-395.
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